於2002年1月正式委任為中央政策組非全職顧問的楊牧谷博士於十二月離港赴英後，突昏迷入院，三週後，終在當地時間二零零二年一月七日晚上十一時多，於愛丁堡聖約翰醫院安息主懷，享年五十六歲。據悉楊博士在離世時，是緊握著太太的手，安詳地被天父接回天家的。正如楊博士曾說：「生命的神蹟的確如煙花，能叫身旁的人嘩然 – 當你願意讓生命迸出耀眼光芒的時候。」楊博士以他的博識及人生經歷確為時代迸出耀眼的光芒。
楊博士的死因仍有待進一步化驗，而他於生前曾出任顧問牧師的九龍基督教活石堂、任執行顧問的更新資源（香港）有限公司及製作其電視節目「戍樓外望」的影音使團，將聯合為楊牧師籌備悼念活動，有關詳情將會稍後公佈，目前最重要的是協助把牧師的遺體運返香港。
據九龍基督教活石堂堂主任歐醒華牧師表示：「這段期間，我不斷與身處英國的楊師母緊密聯絡，由於牧師很安詳地離去，免受更多疾病的折磨，因此，楊師母反覺欣慰。早前他的兒子玄熹及女兒玄風亦前往英國探望父親，渡過了一段親密難忘的時刻，現獲悉此消息，心情當然難過，幸好在他們身旁亦有親友相伴，這是上帝的恩典。」
楊牧谷博士 (Dr. Arnold Yeung) 乃英國劍橋大學哲學博士，資深神學工作者。自一九八七年起，全時間從事研究、寫作、主領專題講座及證道，學識廣博。九二年間，楊博士患上鼻咽癌，身體及心靈上都經歷過一連串苦痛的體驗，從而對生命有著更深刻、更透澈的了解和認知。病癒後，除從事原有工作外，更致力於關懷病患者的需要，積極分享自己病榻裡的信仰掙扎。
楊博士在海內、外均享負盛名，以敏銳觸覺、洞察力強見稱，工作充滿魄力。不可不提其於一九八七年，為香港教會如何面臨九七遽變而著成的《復和神學與教會更新》，姑勿論當中的論據掀起了神學界激烈的討論，不少人也認為這是一個不可多得的華人神學鉅著，在當時中英洽談聯合聲明時發出了獨有原創的聲音，充滿時代意義。另外，他的著作《廚房哲學》、《再生情緣》、《你欠生命一份神蹟》、《自殺少年事件簿（漫畫）》等均為大眾所喜悅，當中的意義發人深省。
另外，楊博士另一最令人敬佩的是其著作產量甚多，經常凌晨四時起床寫作。據曾與楊博士共事過的同事指出，楊牧谷博士可以在早午晚三個不同時段，分別埋頭撰寫三本不同的書籍。至今他的著作已經超過一百本，可說是華人神學工作者著作產量最豐富的一位。
一九九九年起，楊博士參與不少傳媒工作，主持福音電視節目「基督2000」，如「末世天機」、「廚房哲學」及「壞鬼神學」等；另外，亦於二零零零年參與電台時事節目「平息你的風波」及電台節目「豐富的人生之千年人世界」。
二零零一年九月十一日，楊博士更成為「九一一事件」的重要目擊者，在紐約災場親眼目睹及經歷這個歷史性時刻，他並於二零零一年九月二十日出席生命反思大會，親述當日身處紐約世貿中心旁，目擊客機撞擊的過程，與及多次走入現場的經歷，向會眾傳達他的深刻領會。
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