《人体比例研究》是达文西于1490年根据建筑大师维特鲁维斯（Vitruvius）理论制作而成。维特鲁维斯在他的建筑作品中指出，人体的尺寸是自然安排好的。他更举例说明之：把双腿分开到令身高降低1/14，再抬起双臂，直到左右手的中指与头顶成一等高直线，再沿著张开的四肢顶端画一个圆圈，那么你会发现，肚脐正位于圆心，而两腿之间的空间会形成一个等边三角形。

原图中的圆圈之外还有一个四方格。达文西更进一步地把人体同时放进圆形和正方形之中，目的是用来注解人体比例：圆圈的中心点是肚脐，而生殖器是正方形的中心点。 达文西指出：人体颈部的宽度相等于下巴骨到双眼的距离；也相等于下巴骨到颚骨的距离，如果把颈部的宽度乘以15倍，就等于整个人。把手掌用力张开，大拇指指尖与小指指尖间距离相等于脚板的长度 (由脚丫到与脚趾相连的地方)。

这幅《维特鲁威人》草图对文艺复兴时期的建筑表现影响深远。 基于对大自然与事物的热爱，达文西一直秉持以科学方法探究、掌握并塑造大自然事物；以数学方法研究机械学与光学，探究大自然的作用定论与运动定论。 达文西认为，建筑物应该根据和谐神圣的原则，加以组合，也就是所谓和谐构件间的平衡比例。因此，达文西的画作皆采用和谐、平衡，均称的正面构图方式绘制。

《达文西密码》书中暗示达文西十分反对宗教，这是与事实不符的。很多证据都指出，达文西是基督徒，他在米兰期间多次受托描绘以宗教及圣经故事为题材的画作。 他于生前曾清楚表示，死后要为他举行安息礼拜。他的文章中不时提到上帝，尤其在讨论自然与受造物时，更是如此。达文西晚年花了很多时间，在自己的笔记里画素描，内容是圣经创世记毁天灭地的大洪水。